سُمّي المسجد الأقصى بهذا الاسم لبعده عن المسجد الحرام؛ فكلمة الأقصى تعني البعيد، ويُسمّى أيضاً ببيت المقدس والذي يعني لغةً البيت المُنزّه أو المُطهّر، ويُسمّيه البعض بالحرم الشريف، إلّا أنّ هذه التسمية خاطئة؛ فالمسجد الأقصى لا حَرَم فيه، كما ويجوز فيه الصيد وقطع الشجر
يُطلق اسم المسجد الأقصى على كلّ ما هو واقع داخل السور المنشأ في أقصى الزاوية الجنوبية الشرقية من البلدة القديمة في القدس، ويشمل قبّة الصخرة المشرّفة (القبّة الذهبية)، والجامع القِبْلي الذي يحمل قبةً رصاصيةً سوداء، إلى جانب مئتي معلمٍ آخر تقريباً يقع كلّ منها داخل حدود الأقصى، وتتمثّل في المباني، والقباب، والمساجد، والأروقة، والمدارس، والمنابر، والمآذن، والآبار والمكتبات وغيرها، وهذا يعني أنّ الصلاة في أيّ مكانٍ داخل حدود المسجد الأقصى المذكورة آنفاً لها الفضل ذاته.
تصل مساحة المسجد الأقصى إلى 144 دونم تقريباً، وهو يُشكّل ما يُقارب سدس مساحة البلدة القديمة، وشكل الأقصى مضلّع أو شبه مستطيل غير منتظم، طول ضلعه الشماليّ 310م، والجنوبي 281م، والشرقيّ 462م، والغربيّ 491م
يتميّز المسجد الأقصى بوجود العديد من القباب التي تمنحه الصبغة القدسية، وتعتبر من أكثر معالمه بروزاً وجمالاً، وبُنيت غالبية هذه القباب لتكون محلّاً للتدريس أو مكاناً للعبادة والاعتكاف، وتتمثّل القباب في: قبّة السلسلة، وقبّة المعراج، وقبّة موسى عليه السلام، والقبّة النحوية، وقبّة عشاق النبي صلّى الله عليه وسلّم، وقبّة النبي، وقبّة الأرواح، وقبّة الخضر، وقبّة يوسف، وقبّة يوسف آغا، وقبّة سليمان، وقبّة الخليلي، وقبّة مهد عيسى عليه السلام