تتضمّن سورة الأنعام العديد من المضامين المهمّة التي تتركّز حول عدّة قضايا أساسية في الدّين الإسلامي، وهي: البعث والجزاء والألوهية والتوحيد، بالإضافة إلى الرسالة والوحي، وفيما يأتي أهم مضامين سورة الأنعام:
لجميع سور القرآن الكريم فضلٌ عامّ، أما بالنسبة فيما يتعلق في فضل سورة الأنعام، فإنّ لها فضلٌ عام مثلها مثل جميع سور القرآن الكريم، ولم يثبت ورود أي حديث صحيح يبين وجود فضل سورة الأنعام بشكلٍ مخصص، وكل ما يُقال من أنها تُقرأ لقضاء الحاجات وتيسير الولادة والزواج هو خارج عن الصحة أو عن فضل سورة الأنعام في تحقيق الدعاء فهو ليس صحيحًا؛ لأنّ على المسلم أن يدعو بجميع آيات القرآن الكريم، دون أن يخصص سورًا دون أخرى، وقد ذكر العلماء أن من يخصص آيات معينة أو سور معينة من القرآن الكريم مثل سورة الأنعام أو غيرها لقضاء حاجة معينة دون وجود دليل، فقد أحدث في الدين بدعة يُؤثم عليها.