يؤثر المناخ على الطبيعة في الصومال, حيث تتمتع بمناخ مداري, ويوجد تغير موسمي بسيط في درجة الحرارة, وذلك بسبب قربها من خط الاستواء حيث يتميز مناخها بالحرارة طوال السنة مع حدوث رياح موسمية مصحوبة بأمطار في أغلب الأحيان.
وتصل النسبة التقريبية لدرجات الحرارة اليومية القصوى من 30 إلى 40 درجة مئوية, فيما عدا المرتفعات العالية حيث يكون المناخ بارد, حيث تتغير الطبيعة في الصومال من المناطق القاحلة في الجزء الشمالي الشرقي والجزء الأوسط إلى مناطق جافة في الجزء الشمالي الغربي والجزء الجنوبي.
تسقط الأمطار في موسمين من السنة: الأمطار الغزيرة من مارس إلى مايو, والأمطار الخفيفة من سبتمبر إلى ديسمبر, فبالرغم من أن المناطق الساحلية تتميز بالحرارة والرطوبة طوال العام, إلا أن المناطق البعيدة غالبا ما تكون جافة وساخنة, مثل منطقة المنتجع الطبيعي أو منطقة متخلف حديقة بردانا الوطنية.
تتأثر الطبيعة في الصومال بالتربة وأنواعها, حيث تتنوع أنواع التربة في الصومال وتختلف طبقا لطبيعة المناخ والصخور,حيث في المناطق القاحلة في الجزء الشمالي الشرقي يوجد بها تربة صحراوية رخوة وعقيمة, أما هضاب الحجر الجيري في المنطقة البؤرية تتميز بوجود تربة خصبة كربونية رمادية داكنة إلى بنية تهيئ فرصة جيدة للزراعة المطرية, وفي السهول الغرينية من نهري شبيلي وجوبا فتوجد تربة أكثر خصوبة, ويطلق عليها “تربة القطن الأسود”, نظرا لزراعة القطن بها, كما أن هذه التربة تملك قدرة كبيرة على الاحتفاظ بالمياه وتستخدم لري الزراعة.
يعتبر نهر جوبا من أروع المظاهر الطبيعية التي تميز الطبيعة في الصومال، ويحتوي على الأسماك الرائعة, وأغلب سكان الصومال يعتمدون على صيد الأسماك واستخراج اللؤلؤ والإسفنج من هذا النهر, كما أنه يحاط بغابات رائعة تحتوي على أشجار القرم والحيوانات المختلفة.
تتميز الطبيعة في الصومال بشواطئ مميزة تطل على خليج عدن والمحيط الهندي
يجري بها مجموعة من الأنهار, مثل نهر جوبا, كما يوجد بها الغابات ناحية الجنوب والتي تحتوي على مجموعة فريدة من النباتات والحيوانات الاليفة والمتوحشة.
أغرب ظواهر الطبيعة في الصومال فهي أكبر بقعة بحرية متوهجة في العالم, وهو بحر يتوهج و يصدر ضوءا ذو لون أبيض.